Фамилия Хананьяев — редкий случай в русском ономастиконе, где за основу взято не просто библейское имя, а его специфическая, почти не встречающаяся в бытовой традиции форма. Корень здесь — личное имя Хананья, которое восходит к древнееврейскому Ханания (Хананьягу), что означает «Яхве (Бог) смилостивился» или «Бог даровал». В синодальном переводе Библии это имя известно в форме Анания (один из трёх отроков в печи огненной). Однако фамилия образована не от грецизированной церковной версии Анания, а от прямого, более архаичного звучания — Хананья, что указывает на возможное бытование имени в среде, близкой к иудейской традиции или к старообрядческим общинам, где иногда сохранялись дореформенные произносительные варианты.

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Хананьяев — «сын Хананьи». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Ханáньяев, хотя в устной речи возможны колебания. Интересно, что в русских документах XVIII–XIX веков имя Хананья фиксируется в основном у священнослужителей и купцов, но фамилия осталась чрезвычайно редкой. Её можно встретить в южнорусских и волжских регионах, где была высока концентрация еврейского и греческого населения, а также в среде потомков духовенства, бравших фамилии по именам редких святых.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Ананьев — массовая и хорошо известная, а Хананьяев — её малочисленный, но лингвистически более точный вариант. Носитель фамилии Хананьяев, скорее всего, происходит из семьи, где имя предка записали в метрической книге не по церковнославянскому стандарту, а по народному произношению — что само по себе ценный след для историка. Других версий происхождения (от тюркских или финно-угорских корней) нет: основа однозначно семитская, библейская, и попытки искать иное значение были бы натяжкой.