Фамилия Хананьева — женская форма от Хананьев, и её основа неожиданно ведёт нас в церковную, а не в тюркскую или восточную среду, как можно было бы предположить по звучанию. В основе лежит крестильное имя Ананий, точнее, его просторечная форма Хананий. Имя Ананий (от древнееврейского «Хананья» — «Яхве (Бог) смилостивился») было широко распространено на Руси, и в народной речи начальный гласный «а» часто переходил в «х» — так появились варианты Хананий, Ханя. От этого имени через притяжательное прилагательное («чей сын?» — Хананьев) и образовалась фамилия.

Модель образования здесь классическая: суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) указывает на принадлежность к отцу. То есть Хананьев — буквально «сын Ханания». Фамилия возникла в среде крестьян или мещан, где отчество закрепилось как родовое прозвище. В официальных документах XIX века, особенно в переписных листах, такие фамилии часто записывали на слух, поэтому встречается вариация Хананьева, а не, скажем, Хананиева — это следствие упрощения произношения.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где имя Ананий было особенно популярно среди старообрядцев и крестьянства. Встречается она и в украинских землях, где форма Ханань (без окончания -ий) могла бытовать как самостоятельное имя. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Ананий, хоть и входило в святцы, не было столь частым, как Иван или Пётр, а его просторечная форма Хананий и вовсе вышла из употребления к началу XX века.

Если отбросить версию о библейском корне, можно ошибочно связать фамилию с тюркским словом «хан» или арабским «хана» (гостиница), но это ложный след. Никакого отношения к знатному титулу или постоялому двору Хананьевы не имеют — перед нами типичный случай, когда фамилия, звучащая экзотично, оказывается чисто русской по механизму образования и восходит к православному календарю.