Фамилия Хананин отвечает на вопрос «чей ты будешь?» и образована от личного имени Ханана с помощью притяжательного суффикса -ин. Такой суффикс в русской традиции обычно присоединялся к основам на -а/-я, и фамилия буквально значила «сын Хананы», «наследник Хананы». Вопрос лишь в том, что стояло за этим именем.

Самая прямая версия — арабское имя Ханан, которое переводится как «милосердие». В мусульманской среде это имя распространено, и его вариант Ханана вполне мог бытовать у народов, говоривших по-тюркски или испытавших влияние исламской культуры. Отсюда один шаг до фамилии: имя Ханана дали ребенку, а его потомки, обрусев, закрепили за собой форму Хананин.

Есть и вторая, не менее интересная линия. Ханана может быть народной формой библейского имени Хананья. С иврита оно переводится как «сжалился, пожалел Бог» или «Бог явил милость». В Ветхом Завете так звали одного из пророков, и имя это было широко распространено у евреев, а позже — и у христиан восточных обрядов. В этом случае фамилия Хананин несет в себе тот же смысл божественной милости, что и арабский вариант, хотя и приходит из другой языковой традиции.

Какую версию считать основной — вопрос географии предков. Если семья происходила из регионов с сильным тюркским или кавказским влиянием, вероятнее арабский корень. Если же речь о западных губерниях или местах компактного проживания еврейского населения, ближе версия с именем Хананья. Но в обоих случаях смысл фамилии сходится к одному: в ее основе лежит пожелание милости, жалости, сострадания — либо как качества, которое хотели видеть в ребенке, либо как благодарности Богу за его рождение.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия закрепилась в русскоязычной среде достаточно давно, когда отчества и фамилии на -ин/-ов только начинали вытеснять прозвища. Сама фамилия редкая, и это делает ее ценной для генеалогического поиска: по ней легче проследить конкретную семейную ветвь, чем по распространенным Ивановым или Кузнецовым.