Фамилия Хананьев происходит от канонического мужского имени Анания. В переводе с древнееврейского оно означает «Бог милостив» или «Бог услышал». В церковной традиции это имя носили несколько святых, включая одного из трёх отроков — Ананию, Азарию и Мисаила, которые, по преданию, были чудесным образом спасены в огненной печи.

Имя Анания в старину было распространено на Руси, особенно в среде духовенства и крестьянства. В разговорной речи оно часто меняло форму: начальное «а» отпадало, а мягкое «н» перед гласной превращалось в «х», что давало просторечный вариант Хананий. От этого имени и образована фамилия. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Хананьев буквально означает «сын Хананья», где Хананья — это обиходная форма имени Анания.

Словообразовательная модель с суффиксом -ев типична для русских фамилий, произошедших от имён на мягкий согласный или на -ий. Подобные именования широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян, что делает фамилию Хананьев самобытным памятником славянской культуры. У той же основы есть и другие варианты: Ананьев, Ананьин, Онин. Фамилия Ананьев встречается чаще, а форма Хананьев закрепилась за теми родами, где в обиходе прижился именно разговорный вариант имени.

Носители фамилии могли принадлежать к разным сословиям. В документах XVII–XIX веков встречаются крестьяне, мещане и священнослужители с такой фамилией. Поскольку имя Анания часто давали при крещении, фамилия не указывает на конкретное ремесло или прозвище, а напрямую связана с личным именем предка.

Точное время и место возникновения фамилии Хананьев определить без специальных генеалогических изысканий сложно: процесс формирования каждой отдельной фамилии был длительным и не всегда имел привязку только к одной местности. Однако можно уверенно сказать, что фамилия хранит память о христианском имени, которое несли предки, и является ценным источником семейной истории.