Фамилия Хананин образована от имени собственного и относится к распространенному типу финно-угорских фамилий. В её основе лежит имя Ханана, которое представляет собой вариант арабского имени Ханан, переводящегося как «милосердие». Не исключено также, что имя Ханана восходит к имени Хананья: в переводе с иврита оно означает «сжалился, пожалел (Бог)», и это имя принадлежало одному из пророков. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ханана, со временем получил фамилию Хананин.

Вопрос о происхождении фамилии упирается в то, какой именно корень считать исходным. Арабская версия выглядит правдоподобной для регионов, где исламская культура соседствовала с финно-угорскими народами, например в Поволжье. Еврейская версия с именем Хананья менее вероятна для массового бытования фамилии в финно-угорской среде, хотя полностью исключать её нельзя: имя могло прийти через библейские тексты. Более убедительной кажется связь с арабским «Ханан», которое через тюркское посредничество могло попасть в именник соседних народов.

Суффикс -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — «сын Ханан». Такая модель типична не только для русских, но и для финно-угорских фамилий, которые нередко калькировали русскую словообразовательную схему. О точном месте и времени возникновения фамилии Хананин говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным и проходил в несколько этапов. Тем не менее, фамилия Хананин представляет собой замечательный памятник финно-угорской письменности и культуры, сохранивший в себе следы межэтнических контактов и заимствований имён.