Фамилия Хананиев — редкий пример фамилии, образованной от личного имени с корнем, уходящим в древнееврейский язык. В основе лежит имя Ханания (Хананья), которое в переводе означает «Яхве (Бог) помиловал» или «Бог явил милость». Это имя хорошо известно по библейским текстам, в частности, по истории трёх отроков в пещи огненной: Анания, Азария и Мисаил. Анания — это русская форма того же имени Ханания, так что фамилия Хананиев — прямой родственник более распространённой фамилии Ананьев.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ев указывает на принадлежность, то есть «сын Ханании» или «из рода Ханании». В русской ономастике такой тип — отчество, застывшее в фамилии, — один из самых древних и массовых. Но Хананиев стоит особняком: если Ананьевых по России тысячи, то Хананиевы — единицы. Это говорит о том, что фамилия могла сохраниться в среде, где имя Ханания бытовало в исходной, не русифицированной форме.

Скорее всего, носители фамилии — потомки людей из духовного сословия или из старообрядческой (возможно, молоканской или субботнической) среды, где библейские имена употреблялись в точном, нетронутом виде. В синодальной традиции имя давали как Анания, а форма Ханания — более архаичная, книжная, характерная для грамотных людей, знавших церковнославянский или древнееврейский оригинал. Не исключено, что предок был священником, псаломщиком или учителем Закона Божьего.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Закавказью. Встречается среди армян-халкедонцев и греков-урумов, где имя Ханания (Ганания) было распространено. В русских переписных книгах XVIII–XIX веков Хананиевы почти не фиксируются — фамилия осталась локальной, не попав в массовый оборот после отмены крепостного права.

Интересная деталь: у фамилии нет варианта Хананьев, хотя исходное имя часто писали через мягкий знак. Форма на -иев закрепилась, видимо, под влиянием греческой или церковнославянской традиции (Хананія → Хананиев). Это отличает её от однокоренных фамилий вроде Ананьев или Гананьев, где суффикс присоединялся к основе без наращения -и-.