Фамилия Ханани — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. В русской традиции фамилии на -ий, -ой или -ый обычно указывают на прилагательное (Толстой, Блаженный), но Ханани стоит особняком: окончание -и здесь, скорее всего, не русское, а транслитерированное окончание семитской фамилии.

Самая вероятная версия — фамилия восходит к библейскому имени Ханания (Хананья), которое в переводе с иврита означает «Бог смилостивился» или «Господь даровал милость». В русской традиции это имя известно по Ветхому Завету (пророк Ханания, споривший с Иеремией). Усечённая форма Ханани могла возникнуть у еврейских общин Восточной Европы, где фамилии часто образовывались от имён с помощью суффиксов или простого сокращения. В таком случае носитель фамилии — потомок человека по имени Ханания, а сама фамилия — патроним, то есть «сын Ханании».

Менее распространённая, но допустимая версия — арабское происхождение. В арабском языке корень «х-н-н» означает нежность, сострадание, а имя Ханан или Ханани встречается у мусульман. Однако в России такая фамилия чаще фиксируется у людей с еврейскими корнями, особенно у выходцев из черты оседлости (Украина, Белоруссия, Польша). Географически в современных русских справочниках Ханани встречается редко, в основном в крупных городах — Москве, Санкт-Петербурге, что указывает на миграцию носителей в XX веке.

Суффиксальная модель здесь не работает: нет привычного -ов, -ин, -ский. Это признак того, что фамилия не прошла русификацию и сохранила исходную форму. Для русского уха она звучит как несклоняемая, хотя по правилам её можно склонять как фамилию с конечным -и (типа Джугашвили), но в быту её часто оставляют без изменений. Если искать аналоги, то ближе всего фамилии типа Бен-Ханани или Хананин, но Ханани — самостоятельная, более краткая ветвь.