Фамилия Ханагаев — один из тех случаев, где основа не лежит на поверхности и требует обращения к тюркским языкам. В русском языке она звучит непривычно, и это не случайно: её корни уходят в языки народов Кавказа или Поволжья, где слово «хан» имеет прямое значение — верховный правитель, князь, владыка. Однако простого сложения «хан + гаев» здесь нет: скорее всего, в основе лежит тюркское имя или прозвище Ханага (Ханакай), где «хан» — первая часть, а вторая («ага») означает «господин», «старший», «уважаемый человек». Таким образом, Ханага — это составное имя со значением «хан-господин» или «почтенный, как хан», что было престижным прозвищем для родоначальника.

Модель образования типична для фамилий, возникших в тюркоязычной среде: к основе на гласный (Ханага) добавляется русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Суффикс указывает на принадлежность: «сын Ханаги». Встречается и вариант написания Ханагаев, где сохраняется твёрдый «г» — это может быть связано с диалектным произношением или с адаптацией в документах XIX века, когда фамилии фиксировались на слух.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически были сильны тюркские и кавказские влияния: Дагестан, Чечня, Ингушетия, а также Татарстан и Башкортостан. Встречается она и у осетин, и у народов, испытавших воздействие тюркской аристократической традиции. При этом важно не путать с фамилией Ханакаев — та может восходить к названию суфийской обители («ханака»), что совсем другая история.

Сословно предки Ханагаевых вряд ли принадлежали к высшей знати — скорее, к зажиточным крестьянам, старшинам или воинам, получившим прозвище за властный нрав или уважение в общине. Прямых указаний на дворянство нет, но в некоторых кавказских обществах носители таких фамилий могли входить в привилегированные группы (уздени, старшины). В советское время фамилия не утратилась, но осталась сравнительно редкой — её носители живут в основном на Северном Кавказе и в южных регионах России.