Фамилия Ханагова — женская форма фамилии Ханагов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Ханагов, скорее всего, образована от прозвища или имени Ханаг. Корень «хан» в тюркских и кавказских языках означает «правитель», «князь», «владыка». Вторая часть «-аг» может быть осетинским или тюркским суффиксом, образующим имя или прозвище. Таким образом, Ханаг — это «хан» с уменьшительным или пренебрежительным оттенком, либо «похожий на хана», «ханский человек».

Фамилия явно указывает на северокавказское происхождение, скорее всего осетинское. В осетинском языке фамилии с суффиксом -ов/-ев типичны для иронцев и дигорцев. Ханаговы могли быть потомками человека по прозвищу Ханаг — так могли назвать либо представителя знатного рода, либо, наоборот, того, кто «корчил из себя хана», то есть зазнайку. Встречается фамилия и у ингушей, и у чеченцев, но там оформление чаще без суффикса (просто Ханаг), а Ханагов — это уже русифицированная форма.

Географически фамилия привязана к Северной Осетии, особенно к селениям в Алагирском и Дигорском ущельях. Встречается также среди осетин-мусульман в Моздокском районе. В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ов указывает на принадлежность отцу или хозяину, здесь он выполняет функцию адаптации к русской паспортной системе XIX века.

Сравните с похожими фамилиями: Ханаев (от «хан» + «ай» — осетинский суффикс принадлежности), Ханагян (армянский вариант). Ханагова стоит особняком: в ней нет типичного осетинского суффикса -ты/-ти (как в Ханагаты), что говорит о более поздней фиксации в документах, когда осетинам уже выдавали русские паспорта.

Носительниц фамилии Ханагова сегодня можно встретить не только на Кавказе, но и в Москве, и в южных регионах России — это следствие миграций XX века.