Фамилия Ханагуа образовалась от прозвища Ханаг. Оно, скорее всего, произошло от названия самого древнего поселения Табасаранского района Дагестана – Ханаг. По некоторым историческим данным, это село возникло около 450 лет назад. Сам топоним Ханаг произошел от табасарского слова «хян», которое переводится как «двор». Вполне возможно, что основатель рода Ханагуа был выходцем из этого поселения, за что и получил соответствующее прозвище. Фамилии на –ия/-иа, -уа встречаются в Абхазии.