Фамилия Ханаков почти наверняка восходит к прозвищу Ханак, и здесь у исследователей есть две основные версии, каждая из которых по-своему логична. Первая связывает прозвище с географией: Хана (Haná) — это название плодородной области в центральной Моравии, исторической части Чехии. Жителя этих мест или выходца оттуда чехи называли ханаком (Hanák), и такое прозвище вполне могло закрепиться за человеком, а затем превратиться в фамилию с типичным русским суффиксом -ов, отвечающим на вопрос «чей?» — то есть сын Ханака.

Вторая версия обращает внимание на то, что Ханак — это и чешская уменьшительная форма имени Иван. Имя Иван, в свою очередь, восходит к древнееврейскому Иоханан, что значит «милость Божья» или «Бог смилостивился». В таком случае Ханаком могли ласково называть человека по имени Иван, а его потомки уже носили отчество-фамилию Ханаковы. Обе гипотезы не противоречат друг другу: чешское имя и чешское географическое название имеют общие корни в языке, поэтому при отсутствии письменных свидетельств о конкретном родоначальнике нельзя отдать предпочтение одной из них с полной уверенностью.

Интересно, что фамилия эта редкая и встречается в основном в северо-западных регионах России. Так, в Книге памяти Новгородской области упоминается Я. Ханаков из деревни Корытница Окуловского района, живший на рубеже XIX и XX веков. Сама фамилия звучит непривычно для русского уха, что как раз и указывает на её возможное иноземное происхождение — либо от чешского переселенца, либо от прозвища, данного человеку за связь с чужими краями. В любом случае, носитель фамилии Ханаков может с равным основанием считать себя потомком либо моравского выходца, либо человека, носившего в быту чешский вариант имени Иван.