Скорее всего, фамилия Ханаков образована от прозвища Ханак, которое восходит к названию области Хана (Haná) в центральной Моравии (Чехия). Следовательно, Ханаком могли прозвать выходца из этой области. Однако Ханак (Hanák) — это и чешская уменьшительная форма имени Иван, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Во время гонения на христиан апостол был приговорен к смерти. Так, в Книге памяти Новгородской области записан Я. Ханаков из деревни Корытница Окуловского района, живший на рубеже XIX и XX веков.