Фамилия Ханакина — это женская форма мужской фамилии Ханакин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Ханака. В русской ономастике это довольно редкий случай, когда в основе лежит слово, явно заимствованное из тюркских языков. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Ханаки, потомок Ханаки.

Самое вероятное объяснение корня — тюркское «ханака» (или «ханага»), что означает суфийскую обитель, монастырь дервишей. В таком случае прозвище Ханака могли дать человеку, который жил при такой обители, служил при ней или сам был дервишем. В Поволжье и на юге России, где тюркские и русские диалекты веками соприкасались, такие прозвища не редкость. Вторая, менее распространённая версия, возводит основу к арабскому «ханака» — «удушье», «стеснение», но для прозвища это звучит натянуто; скорее всего, это народное переосмысление уже забытого тюркского слова.

Встречаемость фамилии Ханакина невысока, она тяготеет к южным регионам России, в частности к Ростовской области и Краснодарскому краю, а также встречается среди потомков казачества, где смешение русских и тюркских корней в фамилиях — обычное дело. Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Ханаков (с суффиксом -ов) распространена шире, но Ханакин сохранила более архаичную, «личную» форму, указывающую на прямое родство с конкретным человеком по прозвищу. Носительницы этой фамилии могут с высокой долей вероятности считать своими предками людей, связанных с духовной или хозяйственной жизнью мусульманских общин на южных рубежах России.