Фамилия Ханакин образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или мирского имени с помощью патронимического суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Ханакин — это «сын Ханыки» или «человек из рода Ханыки». Основа здесь неочевидна, и это как раз тот случай, когда за простой на вид фамилией может стоять неожиданная история.

Скорее всего, в основе лежит тюркское или арабское имя Ханака (или Ханыка). В тюркских языках «хан» — верховный правитель, а уменьшительная форма «ханыка» могла означать «маленький хан», «князёк» или просто ласковое прозвище для ребёнка, которому родители желали власти и удачи. В арабском языке есть имя Ханик (крепкий, достойный), которое в русской записи могло превратиться в Ханыка. Фамилии на -ин от тюркских имён — обычное дело в Поволжье, Приуралье и среди казачества, где русские и татаро-башкирские семьи веками жили рядом.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с русским диалектным словом «ханыка» (или «ханька»). В некоторых говорах так называли неряшливого, неопрятного человека, а также того, кто постоянно ноет или пристаёт с просьбами. Слово это звукоподражательное, от глагола «ханыкать» — хныкать, плакаться. Если фамилия возникла в среде русских крестьян, далёкой от татарских влияний, то прозвище Ханыка могли дать капризному ребёнку или ворчливому старику.

География фамилии тоже подсказывает: Ханакины встречаются в Татарстане, Башкортостане, в Самарской и Оренбургской областях. Это регионы, где тюркский след в русских фамилиях — норма. Поэтому первая версия (от имени со значением «хан») выглядит убедительнее. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская: суффикс -ин и отсутствие «-ский» говорят о том, что предки были не из служилых людей, а из тех, кого записывали по отцу в церковных метриках.