Фамилия Ханайкина — женская форма фамилии Ханайкин, которая образована по одной из самых продуктивных моделей русского языка: от прозвища или имени с помощью суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на то, что фамилия по происхождению — притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: сын Ханайки → Ханайкин. В основе лежит мужское личное имя или прозвище Ханайка, которое в свою очередь является уменьшительно-ласкательной формой от канонического крестильного имени.

Вероятнее всего, Ханайка — это просторечная форма имени Иоанн (в русском обиходе — Иван). В русских говорах имя Иван давало множество производных: Ваня, Ванька, Ванечка, а также диалектные варианты вроде Ханя, Ханька. Переход начального «Ив» в «Хв» или просто «Х» — явление нередкое для севернорусских и некоторых центральных говоров (сравните с фамилиями Хваньков, Ханин). Таким образом, Ханайка могло означать «маленький Иван» или «Иванушка», и фамилия Ханайкин буквально значила «сын Ханайки», то есть потомок человека по имени Иван.

Менее вероятна, но не исключена связь с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках есть слово «хана» (господин, правитель, хан) с уменьшительным суффиксом -ай, что могло дать прозвище Ханай («маленький хан», «князёк»). Однако для фамилии, бытующей в центральной России и не отмеченной как типично татарская, версия с производным от Ивана выглядит убедительнее — хотя бы по частоте встречаемости таких моделей среди русских фамилий.

Фамилия Ханайкина редкая и географически привязана преимущественно к Поволжью и некоторым областям Центральной России. Встречается она в основном в виде единичных записей, а не массовых списков, что говорит о её локальном происхождении: предки носителей фамилии жили в одной местности, и фамилия не получила широкого распространения. Суффикс -ин, а не -ов, тоже намекает на северное или восточное происхождение рода — в южных и западных регионах чаще образовывали фамилии на -ов/-ев.

По сословной принадлежности ничего определённого сказать нельзя: фамилия могла появиться и у крестьянина, и у мещанина. Прозвище Ханайка — ласковое, домашнее, так что, скорее всего, оно возникло в бытовом общении, а потом закрепилось в документах как официальная фамилия. Если искать однокоренные фамилии, то это Ханайкин, Ханькин, Ханин, а также Хванькин — все они, вероятно, восходят к одному корню — имени Иван.