Фамилия Ханайкины — редкая и примечательная тем, что её основа, скорее всего, не исконно русская, а заимствованная. В русских фамилиях на -ин суффикс чаще всего указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Ханая». Само имя или прозвище Ханай — это, вероятнее всего, тюркское имя Ханай, которое образовано от «хан» (владыка, правитель) с уменьшительным аффиксом -ай. Такие имена (Алтай, Толмай, Кудрай) были распространены у татар, башкир и других народов Поволжья. Человек по имени Ханай мог быть сыном хана или просто носить это имя как пожелание силы и власти.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в форме множественного числа — Ханайкины. Это характерно для фамилий, которые закрепились в документах как обозначение целого рода или семьи («дом Ханайкиных»). Такая форма нередко встречается в северных и центральных губерниях России, а также у староверов, где фамилии часто записывали в «родовом» падеже.

Есть и другая, менее вероятная версия. Если отбросить тюркскую основу, можно предположить, что в основе лежит диалектное слово «ханайка» — так в некоторых говорах называли ханжу, лицемерного или капризного человека. Однако это слово очень редкое, и его связь с фамилией выглядит натянутой. Гораздо логичнее видеть в Ханайкиных потомков человека с тюркским именем, что типично для русских фамилий, возникших в зонах активных контактов с татарами и башкирами — например, в Казанской, Симбирской или Оренбургской губерниях.

Сословная принадлежность Ханайкиных не зафиксирована в общих справочниках, но модель образования (суффикс -ин) чаще встречалась у крестьян и мещан, реже — у дворян. Носители фамилии сегодня рассеяны по России, но заметная их часть сосредоточена в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о тюркском происхождении основы.