Фамилия Ханамов — тюркская по происхождению, и её разбор стоит начать с азиатского корня. Основа «хан» в тюркских языках означает верховного правителя, владыку, князя. В составе фамилий это слово могло указывать либо на прямое родство с ханом, либо, что гораздо чаще, на прозвище или почётное именование человека, который вёл себя по-хозяйски, обладал властью в своей общине или просто был уважаемым старшиной.

Суффикс «-ов» — типичный русский патронимический формант, который присоединяли к тюркским основам при русификации фамилий. В данном случае он означает «принадлежащий Ханаму» или «из рода Ханама». То есть исходным было личное имя или прозвище Хана́м. Это имя образовано от «хан» с уменьшительно-ласкательным или усилительным аффиксом «-ам» (в тюркских языках распространена модель: батыр — батырам, ак — акам). Таким образом, Хана́м — «маленький хан», «ханчик» или «почтенный, как хан».

Географически фамилия Ханамов характерна для народов Поволжья и Средней Азии, особенно для татар, башкир, а также для туркмен и узбеков. В русском контексте она встречается преимущественно у татарских и башкирских родов, которые в XIX–XX веках получили официальные фамилии по отцу. Встречается и у азербайджанцев, но там чаще встречается вариант Ханам оглы (сын Ханам).

Есть и более редкая гипотеза: в некоторых тюркских диалектах «ханам» — это форма обращения к женщине знатного происхождения (госпожа, царица). В таком случае фамилия могла возникнуть от женского имени Ханам, данного девочке в знак уважения. Но мужской суффикс «-ов» скорее указывает на исходную мужскую основу, поэтому версия с именем Хана́м как мужским прозвищем выглядит правдоподобнее.

Сословной привязки у фамилии нет: её носили и крестьяне, и купцы, и духовные лица. В дореволюционных записях Ханамовы встречаются среди касимовских и оренбургских татар, а также в среде туркменских племён, перешедших на оседлость.