Фамилия Ханаматова — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному прочтению с первого взгляда. Судя по окончанию, перед нами типичная женская форма фамилии Ханаматов, образованная с помощью суффикса -ов. Мужской вариант Ханаматов, в свою очередь, происходит от личного имени или прозвища Ханамат. Вопрос в том, что стоит за этим именем: тюркское или арабско-персидское наследие?

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с арабским именем Ханамат, которое можно разложить на две части: «хан» (господин, правитель, вождь) и «амат» (форма арабского имени Ахмад или производное от «хамид» — хвалимый, достойный похвалы). В таком случае Ханамат — это сложносоставное имя, означающее «господин, достойный похвалы» или «правитель, подобный Ахмаду». Подобные двусоставные имена с элементом «хан» были распространены у тюркских народов, принявших ислам, особенно в среде татар и башкир. Фамилия Ханаматова, таким образом, могла возникнуть в татарской или башкирской среде, где имя Ханамат давали мальчикам, желая подчеркнуть их знатное происхождение или благочестие.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, что типично для тюркских фамилий, попавших в российское делопроизводство. В XIX — начале XX века при переписях и в документах тюркские имена часто русифицировали, добавляя окончание -ов/-ев. Это значит, что предки носительницы фамилии, скорее всего, были крестьянами, мещанами или купцами из Поволжья, Приуралья или Западной Сибири — регионов, где компактно проживают татары и башкиры.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от персидского слова «ханамат» (خانمات), что означает «госпожи» или «знатные женщины» (форма множественного числа от «ханум»). В этом случае фамилия могла быть прозвищем человека, имевшего отношение к знатным дамам (например, слуга или управляющий), либо же фамилией, данной по имени матери или жены (по модели матронимических фамилий). Однако для русской фамильной традиции такой путь образования — редкость, и тюркская версия с именем Ханамат выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии Ханаматова невысока, что подтверждает её локальный характер. Скорее всего, она сосредоточена в Татарстане, Башкортостане или среди татарских диаспор в других регионах России. Учитывая, что фамилия женская, а мужской вариант Ханаматов — ещё более редкий, можно предположить, что род относительно молодой или малочисленный.