Фамилия Хандамов — одна из тех, где корень не славянский, а суффикс — типично русский. Основа здесь тюркская или арабо-тюркская, а окончание -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в русской среде, скорее всего, в XIX веке, когда представителям других народов массово давали фамилии по отцу с русскими патронимическими суффиксами.

Если разобрать основу, то имя «Хандам» нередко встречается в тюркских языках (например, у азербайджанцев, туркмен, кумыков). Оно составное: первая часть «хан» — титул правителя, вторая «дам» — от арабского «дам» (кровь) или в переносном смысле «храбрый, отважный». Таким образом, Хандам — это «ханская кровь» или «благородный, как хан». Впрочем, в бытовой среде это имя могло даваться не для указания на реальное происхождение, а как пожелание силы и знатности.

Географически фамилия Хандамов распространена в регионах, где жили тюркские народы, но уже в составе Российской империи: Дагестан, Азербайджан, Средняя Азия. В русских документах её фиксировали поздно, часто при переписях или переходе на оседлость. Поскольку суффикс -ов, а не -оглы или -заде, носитель фамилии, вероятно, происходил из среды, уже попавшей в русскую административную систему — например, из кумыкских или азербайджанских крестьян, ремесленников или мелких служащих.

Интересная деталь: если бы фамилия образовалась не в русском языке, а, скажем, в арабской традиции, она могла бы звучать как «Хандами» (по типу ниcбы). Но именно русский суффикс -ов превратил имя Хандам в отчество, а затем и в фамилию, закрепив её в паспортной системе. Сравните с фамилией Хандамов и однокоренной Хандамов — разница лишь в огласовке, но обе восходят к одному корню.

Встречаются и варианты написания через «о» во втором слоге — Хондомов, но это уже результат адаптации к русскому произношению, где безударное «а» звучит как «о».