Фамилия Хандаков — редкий случай, где прозвищная основа почти наверняка имеет тюркское происхождение, а русский суффикс -ов добавляет типичное «притяжательное» значение: «чей?» — «сын Хандака». В центре фамилии лежит слово «хандак», которое в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «ров», «канава» или «окоп». Прозвище Хандак могли дать человеку, жившему у оврага или рва, либо тому, кто копал канавы — землекопу или строителю простейших укреплений.

Слово «хандак» в русские говоры тоже попало, но скорее как военный термин (из турецкого через посредство польского). Однако в основе фамилии Хандаков, скорее всего, лежит именно тюркское прозвище, а не заимствованный термин — иначе фамилия звучала бы искусственно. В пользу тюркского корня говорит и география: фамилия встречается у поволжских татар, башкир, а также в русских семьях, исторически живших по соседству с тюркскими народами.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформилась в среде, где преобладала русская патронимическая модель: Хандак → Хандаков. Это значит, что предок носителя фамилии (скорее всего, мужчина) носил прозвище Хандак, а его дети и внуки стали Хандаковыми. В некоторых регионах фамилия могла возникнуть и как русифицированная форма татарской фамилии Хандаков (с тем же корнем, но без суффикса — у татар фамилии на -ов тоже встречаются).

Интересно, что в русских говорах слово «хандак» иногда означало «глухой, непроходимый лес» или «чаща». Если прозвище возникло в северных или центральных областях России, человек мог получить его за то, что жил в глухом лесу или был нелюдимым. Но эта версия менее вероятна: диалектное значение редкое, а тюркское «ров» — общеупотребительное.

Среди однокоренных фамилий — Хандаков, Хандакин, Хандакбаев (у народов Кавказа и Средней Азии). В России Хандаковы не входили в число знатных дворянских родов — фамилия встречается в основном среди крестьян, мещан и казаков, что подтверждает её «ремесленное» или «географическое» происхождение.