Фамилия Хандакова — женская форма мужской фамилии Хандаков. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Хандак. В русской ономастике это слово имеет два вероятных источника, и оба ведут в южные регионы.

Первый и наиболее правдоподобный вариант связан с тюркскими языками. Слово «хандак» (или «кандак») в ряде тюркских наречий означает «ров», «канава», «окоп». В диалектах встречается и значение «яма», «овраг». Прозвище Хандак могли дать человеку, жившему у оврага или рва, либо тому, кто занимался рытьём канав — например, копальщику колодцев или землекопу. Такие прозвища по месту жительства или роду занятий были типичны для крестьян и посадских людей юга России, где тюркское влияние на бытовую лексику было особенно сильным.

Второй вариант — арабское происхождение. В арабском языке «хандак» (خندق) означает «ров», «траншея», это слово попало во многие языки Ближнего Востока и Средней Азии. Однако для русской фамилии более вероятен именно тюркский путь заимствования, так как контакты с тюркскими народами (татарами, башкирами, казахами) в XVI–XVII веках были массовыми, а прямое арабское влияние на русские прозвища — редкость.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Хандаков буквально означает «сын Хандака», то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия довольно редкая, её географическое ядро — южные области России: Ростовская, Волгоградская, Астраханская области, а также Краснодарский край. Встречается и у казачьих родов, что логично: казаки активно взаимодействовали с тюркским населением и часто перенимали прозвища из местной лексики.

Если отбросить экзотические версии (например, связь с монгольским «хан»), то наиболее обоснованным остаётся «земляной» след: предок носителей фамилии Хандаков мог жить у рва или копать канавы.