Фамилия Хайдаков — классический пример патронимической фамилии, образованной с помощью суффикса -ов. Это значит, что в основе лежит личное имя или прозвище Хайдак, а фамилия отвечает на вопрос «чей сын?» — сын Хайдака. Такая модель в XVI–XVII веках стала господствующей у русских дворян, а затем и у всех сословий, вытеснив более ранние формы.

Имя Хайдак — не славянское, а тюркское. Наиболее вероятная версия связывает его с тюркским словом «хайды» или «хайда», что означает «гонять», «погонять», «гнать». Соответственно, Хайдак могло быть прозвищем погонщика скота, возчика или просто очень активного, напористого человека. В тюркских языках есть и слово «хайдак» в значении «бродяга» или «скиталец», что тоже могло стать основой прозвища.

Встречается и версия о происхождении от арабского имени Хайдар (лев), но она менее убедительна: переход «р» в «к» в русской среде нехарактерен, а форма Хайдак скорее указывает на тюркскую, а не арабскую огласовку. Фамилия Хайдаков — типично русская по форме, но с явным восточным следом в корне.

Географически фамилия распространена в нескольких регионах, но особенно часто встречается в Дагестане и среди терских казаков. Это объяснимо: в этих местах веками шло активное смешение славянского и тюрко-кавказского населения. У казаков Хайдаковы могли быть из числа так называемых «гребенцов» или «черкесов», принимавших православие и получавших русскую фамилию по отцу.

В отличие от многих фамилий на -ов, где основа легко прочитывается (Кузнецов, Петров), Хайдаков ставит перед исследователем задачу: корень неочевиден для носителя русского языка без знания тюркской лексики. Именно это делает фамилию интересным примером культурного пограничья, где антропонимика фиксирует контакты народов.