Фамилия Хайдакна — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение, скорее всего, не славянское, а восточное, и ключ к разгадке лежит не в суффиксе, а в корне. Основа «Хайдак» или «Хайдакна» может быть вариантом личного имени или прозвища, распространённого у народов Кавказа, Средней Азии или Поволжья.

Самый вероятный путь — от тюркского или монгольского имени Хайдак (или Хайдак-хан). В тюркских языках «хайда» (или «айда») означает «гони», «погоняй», а в переносном смысле — «вожак», «предводитель». Суффикс «-на» в данном случае — не русский патронимический (как -ин), а скорее часть исходного имени или адаптация восточной формы (например, Хайдакна как вариант Хайдак-не — «сын Хайдака» в некоторых языках). В русской среде фамилия могла закрепиться при переписи населения, когда носителя записали по отцу или по прозвищу без изменений.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с этнонимом «хайда» (одно из самоназваний индейцев хайда, но это слишком далеко от русского ареала) или с топонимом. В Забайкалье и Бурятии встречается название местности Хайдак, откуда могла пойти фамилия. Если предки были переселенцами из этих регионов, фамилия могла закрепиться как указание на место выхода.

Фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин), что сразу указывает на её позднее и, скорее всего, нерусское происхождение. Она не склоняется по падежам в мужском роде (Хайдакна, Хайдакне), что также типично для восточных заимствований. Встретить её можно преимущественно в среде потомков казаков, сибирских старожилов или в семьях с кавказскими корнями. Точное значение сегодня восстановить трудно, но логичнее всего считать, что предок носителя был человеком с прозвищем или именем Хайдак — «вожак», «погонщик» или «предводитель».