Фамилия Хайдова — женская форма, а её носительница, скорее всего, происходит из семьи, где мужчину звали Хайдов. В центре внимания здесь не корень, а суффикс. Фамилии на -ов/-ев типичны для русской традиции, но основа «Хайд» явно не славянская. Это сразу указывает на то, что предок получил прозвище или фамилию по чужому слову, которое закрепилось в обиходе.

Самая очевидная версия — связь с немецкой фамилией Хайд (Heid) или её вариантами. В немецком языке «Heide» означает «пустошь», «степь», «вересковая пустошь». Такое прозвище могло указывать на человека, жившего на открытой, поросшей вереском местности, или на выходца из соответствующего региона. В России XVIII–XIX веков было много немецких переселенцев, особенно в Поволжье и Причерноморье. Их фамилии нередко русифицировали, добавляя русские окончания: Хайд превращался в Хайдов, Хайде — в Хайдин. Так Хайдова могла появиться в среде потомков немецких колонистов, которые со временем полностью перешли на русский язык.

Вторая, менее распространённая, но возможная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках есть корень «хайд», означающий «движение», «гон», «атака» (ср. казахское «хайду» — грабёж, набег). В диалектах могло существовать прозвище Хайда (от «хайда» — погоняй, трогай), которое давали человеку подвижному, суетливому или, наоборот, тому, кто гонял скот. Однако фамилия Хайдова с суффиксом -ов в тюркской среде менее типична: у татар и башкир чаще встречаются фамилии на -ов/-ев, но основа обычно берётся от арабских или тюркских имён, а не от глагольных форм.

Географически фамилия редкая. В современных базах данных она встречается единично, в основном в центральной России и на Урале. Это подтверждает версию о немецких корнях: потомки колонистов после депортаций и переселений XX века рассеялись по стране, и фамилия могла сохраниться в малом числе семей. Спор между версиями решается просто: если в роду есть предания о немецких предках или фамилия встречается в немецких колониях (Саратовская, Самарская губернии), то корень — «пустошь». Если нет — скорее всего, это редкий случай адаптации тюркского прозвища, но вероятность ниже.