Фамилия Хайдуков напрямую связана с прозвищем Хайдук, которое в старину имело сразу несколько значений. Чаще всего так звали человека, чья жизнь или внешность напоминали о знаменитых гайдуках — повстанцах и партизанах, боровшихся против турецкого владычества у южных славян в XVII–XIX веках. Позже у венгров гайдуками называли легко вооружённых пехотинцев, а в дореволюционной России это слово закрепилось за выездными лакеями — обычно высокого роста, одетыми в венгерский или казачий костюм. Согласитесь, получить прозвище за стать и осанку, как у такого лакея, было лестно.

Но была и другая, более мирная версия. У западных и южных славян словом «гайдук» называли народную пляску. Если человек плясал лучше всех, задорно и увлечённо, соседи вполне могли закрепить за ним это прозвище. Так что предок носителей фамилии Хайдуков мог быть как отчаянным смельчаком, так и первым танцором на деревне.

В написании фамилии отразилось типичное для украинского языка чередование г/х: гайдук превратился в хайдука. Именно от формы Хайдук и образовалась фамилия с типичным русским суффиксом -ов, который означает принадлежность: Хайдуков — это сын, потомок Хайдука. Со временем эта форма закрепилась как фамилия, и теперь она хранит память о прозвище, которое носил её основатель несколько веков назад.