Фамилия Хайденко звучит непривычно для русского уха, и её происхождение уходит корнями не в древнерусские прозвища, а в немецкую или еврейскую среду. Основа фамилии — личное имя Хайде или его вариант Гайде, которое восходит к немецкому имени Heid(e) или к топониму Хайде (название города в Шлезвиг-Гольштейне). В немецком языке слово «Heide» означает «пустошь, степь», а также может быть сокращённой формой имени Хайнрих (Генрих). Украинский суффикс -енко (указывающий на «маленького» или «потомка») однозначно указывает на то, что фамилия сформировалась на территории современной Украины или юга России, куда немецкие переселенцы приезжали в XVIII–XIX веках.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был выходцем из немецкой колонии, получившим прозвище «Хайда» — по месту прежнего проживания (например, из города Хайде) или по имени. Когда немецкие семьи ассимилировались в украинской или русской среде, их фамилии часто адаптировали с помощью местных суффиксов. Так, Хайде превратилось в Хайденко, что буквально означает «потомок Хайде» или «сын Хайде».

Существует и менее распространённая версия: фамилия могла возникнуть от еврейского имени Хаим (с диалектным произношением «Хайм»), которое в украинской среде также получило суффикс -енко. Однако фонетика (отсутствие «м» в основе) делает эту гипотезу слабее. В любом случае, Хайденко — редкая фамилия, которая не встречается в старых русских родословных книгах и не связана с традиционными славянскими занятиями (ремесло, земледелие). Её носители — это потомки тех, кто пришёл на украинские земли с запада, принеся с собой нетипичное для региона имя.