Фамилия Ханафиев восходит к мужскому личному имени Ханафи, а само оно — к арабскому слову, которым называют последователя ханафитского мазхаба. Это одна из четырёх канонических религиозно-правовых школ суннитского ислама, и её основателем считается богослов Абу Ханифа (около 699—767). Так что в основе фамилии лежит не просто имя, а целое мировоззрение: человека, названного Ханафи, родители с самого рождения видели достойным мусульманином, продолжателем идей этого учёного.

Ханафитская школа строилась на двух важных принципах — «райе» (личном мнении, основанном на здравом смысле) и «кыясе» (суждении по аналогии). Учение Абу Ханифы распространяли его ученики на востоке — в Хорасане и Мавераннахре, где с IX–X веков оно получило дальнейшую разработку с учётом местных условий. В разное время школа пользовалась влиянием в Магрибе и на Сицилии, а после падения Аббасидского халифата её значение временно уменьшилось. Но затем ханафитский мазхаб поддержали Сельджукиды, а позже — султаны Османской империи, где это учение провозгласили государственным. Кади и муфтии обязаны были выносить заключения строго в соответствии с ним.

Именно с этими регионами — Средней Азией, Поволжьем, Кавказом — чаще всего связаны носители фамилии Ханафиев. Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или «й»: Ханафий → Ханафиев. По сути, это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?», то есть «сын Ханафи». Такая модель типична для тюркских и кавказских народов, у которых в XIX–XX веках при оформлении документов на русском языке отчества и семейные прозвища превращались в фамилии.

Менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом, близким по звучанию, но арабское религиозное происхождение выглядит убедительнее — оно подтверждается и географией распространения фамилии, и устойчивой традицией имянаречения в мусульманских семьях. Встречаются также варианты написания Ханафин, Ханафьев, но форма Ханафиев — самая частая.