Фамилия Ханеян — армянская по происхождению, что сразу видно по суффиксу -ян. В армянской ономастике этот патронимический суффикс означает «принадлежащий к роду» или «потомок»; русскому уху он привычен по фамилиям Арутюнян, Акопян, Петросян. Исходная основа Хане — это либо личное имя, либо прозвище.

Самая вероятная версия: Ханеян образована от армянского мужского имени Ханег (Ханек) или его краткой формы Хане. Имя это, в свою очередь, восходит к древнеармянскому слову «хан» — «господин», «владыка». В армянской традиции имена с корнем «хан» (Ханик, Ханег) нередко давали как пожелание знатности или власти, хотя в быту они могли становиться просто фамильными прозвищами. Так что предок-родоначальник Ханеянов, скорее всего, носил имя или прозвище Хане.

Встречаются и другие объяснения, но они менее убедительны. Например, связь с тюркским титулом «хан» — в армянской среде такие заимствования возможны, но обычно они давали фамилии вроде Ханоян или Ханян, а не Ханеян. Форма на -е- указывает именно на армянское имя, а не на прямой титул.

Географически фамилия Ханеян распространена в основном среди армянских диаспор — в России, Армении, странах Ближнего Востока и Закавказья. В исторических документах фамилия не фигурирует как распространённая в древних армянских родах; скорее, она принадлежит к числу более поздних, сформировавшихся в XIX веке, когда армяне массово получали фамилии по именам предков.

Социальный контекст: носители фамилии Ханеян — это потомки людей, которых в общине выделяли по имени Хане, без указания на ремесло или сословие. Значит, предки могли быть и крестьянами, и ремесленниками, и купцами — фамилия не несёт профессиональной окраски. Сейчас она встречается редко, что делает её интересной для генеалогического поиска: проследить родословную по такой фамилии проще, чем по массовым.