Фамилия Ханифаева — женская форма мужской фамилии Ханифаев, которая образована от арабского имени Ханиф. В переводе с арабского «ханиф» означает «правоверный», «истинно верующий» или «склонный к истине». В исламской традиции этим словом называли людей, которые исповедовали единобожие ещё до прихода пророка Мухаммеда, то есть «чистых монотеистов». Таким образом, основа фамилии восходит к личному имени, которое давали ребёнку с пожеланием быть честным, праведным и верным своей вере.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: к основе имени Ханиф добавили суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих согласных). Суффикс -ев указывает на принадлежность: Ханифаев — сын Ханифа. Окончание -а в женской форме — типичное русское окончание, закрепившееся в документах и паспортах. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, суффикс -ев/-ов характерен для имён на твёрдый или мягкий согласный: Ханиф → Ханифаев.

Географически фамилия Ханифаева распространена преимущественно в регионах России с мусульманским населением — в Дагестане, Чечне, Татарстане, Башкортостане, а также среди азербайджанцев и народов Средней Азии. Встречается и вариант написания Ханифова, но он менее частотен. Ханифаев — не дворянская и не крестьянская фамилия в классическом русском понимании: она появилась в среде, где отчества и родовые прозвания начали фиксировать в метриках и паспортах относительно поздно, в XIX — начале XX века, когда имперская администрация оформляла мусульман по общероссийским стандартам.

Примечательная деталь: имя Ханиф и его производные (Ханифа, Ханифия) встречаются и у других народов, например у татар и башкир, но ударение в фамилии может смещаться: Ханифа́ева или Ханифае́ва. В русском языке чаще фиксируют ударение на третий слог — Ханифа́ева, следуя за ударением в исходном имени Хани́ф. Если искать однокоренные фамилии, то Ханифаев стоит в одном ряду с Амировыми, Ибрагимовыми, Расуловыми — все они образованы от арабских имён, вошедших в быт народов Кавказа и Поволжья через ислам.