Фамилия Ханифаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Ханифаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Ханифаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Ханифаев образована от арабского мужского имени Ханиф, которое переводится как «прямодушный, любящий правду, истину». Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, желали своему сыну стать честным, правдивым человеком. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Ханифаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Ханифаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.