Фамилия Ханхасаева — редкий пример фамилии, которая почти наверняка имеет бурятское или монгольское происхождение. Об этом говорит основа «Ханхасай», которая не встречается в русских именах и прозвищах, а также суффикс -ев, типичный для русификации нерусских фамилий. В русской среде такие фамилии обычно получали крещёные буряты или калмыки, чьи имена адаптировали под русскую модель: к основе добавляли -ов или -ев, а окончание меняли по родам (Ханхасаев — мужской, Ханхасаева — женский).

Основа фамилии, скорее всего, восходит к личному имени Ханхасай. В бурятском и монгольском языках «хан» означает «властитель», «царь», а «хасай» может быть вариантом имени Хасай или Хасар — исторического персонажа, брата Чингисхана. Таким образом, имя Ханхасай могло означать «хан-Хасай» или «владыка, подобный Хасаю», то есть указывало на знатность или воинскую доблесть предка. Вторая версия: «хасай» в некоторых диалектах означает «охранять», «защищать», тогда имя трактуется как «царский защитник».

Географически фамилия Ханхасаева встречается в основном в Республике Бурятия, Иркутской области и Забайкалье. Это типичный ареал бурятских фамилий, которые начали массово оформляться в XIX веке при записи в метрические книги. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й»: Ханхасай → Ханхасаев.

В отличие от многих фамилий, которые можно спутать с тюркскими или кавказскими, Ханхасаева чётко локализуется в монгольском языковом пространстве. Если у носителя фамилии есть семейное предание о происхождении из бурятского рода, это скорее всего правда. В советское время фамилия не менялась, так как не имела негативных коннотаций и органично вписалась в русскую систему отчеств и паспортных записей.