Фамилия Ханмирзоев является фонетическим вариантом фамилии Ханмирзаев, которая восходит к имени Ханмирза, образованная от двух основ: «хан» и «мирза». Основа «хан» в переводе с древнетюркско-татарского означает «повелитель», властелин». Имена с этой основой давались мальчикам с пожеланием им ханской власти и богатства. Основа же «мирза» в переводе с арабского означает «сын эмира (царя); белая кость; благородный, знатный, ценный». К таким именам, очевидно, относится и имя Ханмирза. Родители могли так назвать своего ребенка в надежде, что он вырастет достойным человеком. Таким образом, потомок человека, которого звали Ханмирза, со временем получил фамилию Ханмирзоев.