Фамилия Хантакшинова — редкая и географически привязанная к Бурятии. Её основа, скорее всего, восходит к бурятскому мужскому имени Хантакша (Хантагша), что в переводе означает «добытчик» или «охотник», буквально — «тот, кто добывает (зверя)». Корень «хан» (хан, государь) здесь не при чём: это омонимия с тюрко-монгольским титулом. Слово «хантакша» образовано от глагола «хантаха» — «добывать, промышлять», и суффикса деятеля.

Фамилия образована по русской модели: к основе Хантакш(а) добавили патронимический суффикс -ин, а затем типичное для женщин окончание -а. Форма Хантакшинов (мужской вариант) встречается в Забайкалье, у бурят, чьи предки в XVIII–XIX веках получали русские фамилии при крещении или приписке к казачьему сословию. Это типичная «полурусская» фамилия: монгольский корень плюс русский аффикс принадлежности.

География фамилии узкая — в основном Бурятия, Иркутская область, Забайкальский край. Носители — потомки охотников, скотоводов или казаков из бурятских родов. Из-за редкости фамилия почти не меняла форму: варианты вроде Хантагшинов (с озвончением «к» в «г») встречаются, но реже. В метрических книгах XIX века могла записываться как Хантакшинъ, что указывает на старую орфографию.

С точки зрения словообразования, суффикс -ин в этой фамилии не указывает на принадлежность к конкретному отцу (как в русских Иванов, Петров), а служит русификатором: бурятское имя обрело законченную фамильную форму. В отличие от фамилий на -ов, которые доминируют у русских, -ин чаще встречается у народов Сибири, чьи имена оканчивались на гласный или -а.