Фамилия Ханцрацян — яркий пример армянской модели фамилеобразования с суффиксом -ян, который в русской передаче часто выглядит как -ян (в отличие от -янц/-янц, указывающего на множественное число или принадлежность роду). В самой Армении суффикс -ян означает «из рода такого-то» или «принадлежащий», выполняя ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин. Основа фамилии — «ханцрац» — выводится из армянского слова «ханц» (ханц, хандз) — «загадка, тайна, головоломка». Причастие прошедшего времени «ханцрац» означает «ставший загадкой, загадочный, неразгаданный». Таким образом, Ханцрацян — это «потомок Загадочного» или «из рода Тайны».

Скорее всего, фамилия возникла как прозвище. В армянской среде, как и во многих культурах, человека могли прозвать по черте характера или поведению — «загадочный», «молчаливый», «скрытный». Такое прозвище не было оскорбительным, а скорее констатировало особенность: человек, который не раскрывает мысли, держится особняком, кажется окружающим непонятным. В редких случаях «ханцрац» могло относиться к человеку, который разгадывает загадки или занимается таинственными делами (например, знахарь, предсказатель), но это менее вероятно — армянские фамилии на -ян обычно образуются от личных прозвищ, а не от профессий.

Географически фамилия тяготеет к Западной Армении (исторические области, ныне на территории Турции) и к диаспоре. В современной Армении она встречается, но не входит в число самых распространённых. В русском языке фамилия склоняется как обычное существительное мужского рода (Ханцрацяна, Ханцрацяну), женская форма не склоняется, если носительница — женщина.

Интересно, что в армянской ономастике есть фамилии, образованные от того же корня «ханц»: Ханцян, Ханцранян. Ханцрацян выделяется причастной формой, что делает её более редкой и конкретной — она буквально говорит о состоянии или свойстве, а не просто о наличии загадки (как в случае с Ханцян). При этом в армянском языке «ханцрац» не является распространённым словом в бытовой речи, скорее книжным или поэтическим, что подкрепляет версию о прозвище, а не о случайном звукосочетании.