Фамилия Ханутина — женская форма, а её мужской вариант — Ханутин. Это типичная «патронимическая» фамилия, образованная с помощью суффикса -ин, который в русском языке указывал на принадлежность: «чей?» — Ханутин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Ханута. Именно в этой основе — Ханута — и скрыта главная загадка фамилии.

Имя или прозвище Ханута не является распространённым, и его происхождение неочевидно. Самая вероятная версия связывает его с тюркским словом «хан» — титул верховного правителя, владыки. В таком случае Ханута — это уменьшительно-ласкательная или, точнее, уничижительная форма от «хан». Подобные модели в русской ономастике встречаются: прозвища типа Царёк, Князёк, Боярин давались не знатным людям, а простым крестьянам в насмешку или как ироничное указание на властный характер. Так и Ханута могло быть прозвищем человека, который в своей семье или деревне вёл себя как «маленький хан», либо, наоборот, так дразнили того, кто прислуживал или подражал знати. Менее правдоподобна, но возможна связь с диалектным словом «хануть» — в некоторых говорах так говорили про чахнуть, хиреть, пропадать. Тогда прозвище могло относиться к болезненному, слабому человеку, но эта версия уступает первой по распространённости в фамилиях.

Географически фамилия Ханутин встречается нечасто, но имеет заметные очаги в Поволжье — в Татарстане, Башкортостане, а также в соседних областях (Самарская, Оренбургская). Это косвенно подтверждает тюркскую основу: именно в этих регионах исторически был силён пласт тюркских заимствований и имён, а контакты русских с ханами (как реальными правителями, так и в бытовом прозвищном смысле) были обычны.

Таким образом, предок носителей фамилии Ханутина, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, получившим прозвище Ханута — ироничное или описательное, но точно не княжеского рода. Фамилия фиксирует не социальный статус, а народную языковую игру: уменьшительное от грозного титула.