Фамилия Ханяфеева — женская форма мужской фамилии Ханяфеев, которая в свою очередь образована от арабского имени Ханиф. В основе лежит корень, означающий «искренний, правдивый, верный» в религиозном контексте. В исламской традиции «ханиф» — это человек, исповедующий единобожие, чистый в вере. Так что исходное значение фамилии — «потомок Ханифа», человека с таким именем.

С точки зрения словообразования фамилия нестандартна. Типичный русский суффикс -ев присоединён к восточному корню, но в данном случае мы видим необычный элемент -я- перед суффиксом. Ханяфеев, а не Ханифеев или Ханефеев. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в устной речи в татарской или башкирской среде, где имя Ханиф произносилось с редукцией гласных или диалектным смягчением. Встречаются варианты Ханеев, Ханифов, но Ханяфеев — более редкая форма, сохранившая полную основу с характерным переходом «и» в «я» под влиянием живого произношения.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской области. Носительницы фамилии Ханяфеева, скорее всего, потомки татар или башкир, получивших фамилию по отцу в XIX — начале XX века, когда у тюркских народов массово закреплялись русские патронимические суффиксы. Сословно это могли быть крестьяне, ремесленники или купцы — имя Ханиф было распространено среди разных слоёв, так что однозначной привязки к дворянству или духовенству нет.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Ханяфеева стоит ближе к «живой» разговорной традиции, чем к книжному варианту Ханифов. Это делает её ценной для лингвистов: она показывает, как арабское имя адаптировалось не через письменный арабский или турецкий, а через устную речь татарского языка.