Фамилия Харабутов — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Она построена по самой распространённой русской модели: к основе, в данном случае прозвищу Харабут, добавили притяжательный суффикс -ов, который буквально означает «чей?» — сын Харабута. Вопрос в том, откуда взялось само слово «харабут» и что оно означало.

Здесь возможны две основные версии, и обе ведут в южные регионы. Первая, наиболее вероятная, связывает прозвище с тюркскими языками. В них есть корни, звучащие как «хара» (чёрный, тёмный) и «бут» (нога, бедро, а в переносном смысле — основание, корень). «Харабут» могло означать человека с тёмной ногой, человека в чёрных штанах, либо, в более широком смысле, прозвище по внешнему признаку — смуглого, черноволосого. Вторая версия — славянская, но более локальная. В южнорусских говорах (особенно курских, воронежских) словом «харабуть» или «харабутина» называли нечто несуразное, нескладное, большого роста и неловкого человека. То есть прозвище могло даваться за неуклюжесть или высокий рост.

География фамилии подтверждает южное происхождение. Основная масса Харабутовых исторически зафиксирована в Области Войска Донского, в бывшей Екатеринославской губернии (сейчас это территория Днепропетровской и Запорожской областей Украины), а также в Ставрополье и на Кубани. Это зона активных контактов славянского населения с тюркскими народами (ногайцами, татарами, турками), что делает тюркскую версию более убедительной. Славянское «харабуть» могло быть уже вторичным переосмыслением заимствованного слова.

Сословно Харабутовы, скорее всего, были казаками или государственными крестьянами. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформилась в среде, где притяжательная форма была нормой для простых людей — не раньше конца XVII века, а в основном в XVIII веке, когда казачьи и крестьянские фамилии начали закрепляться официально.

Однокоренных фамилий немного, и они тоже редки: Харабут, Харабутин, Харабутский. Все они — вариации одной и той же основы, различающиеся только суффиксальной моделью. Фамилия Харабутов, таким образом, звучит как отчество от прозвища, которое указывало либо на внешность (смуглый, черноногий), либо на характер (нескладный верзила), и закрепилась на южных рубежах России в среде казачества.