Фамилия Хараджиди — одна из тех, что безошибочно указывает на греческое происхождение, причём не просто греческое, а с характерной региональной привязкой. Ключ к разгадке — суффикс -иди, который в греческой ономастике выполняет ту же роль, что и русское -ов/-ев или -ин: он означает «сын», «потомок». То есть Хараджиди буквально переводится как «сын Хараджи» или «из рода Хараджи».

Основа фамилии — Харадж(и) — восходит к турецкому или арабскому слову harac (харадж). В Османской империи хараджем называли подушный налог, который взимали с немусульманского населения. Человек, получивший прозвище Хараджи, мог быть сборщиком этого налога, либо крестьянином, обязанным его платить. В греческой среде, особенно в регионах бывшей Османской империи (Понт, Каппадокия, Малой Азии), такие прозвища были распространены. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с греческим χαρά (хара) — «радость», но суффикс -джи в таком случае необъясним, а турецкое происхождение корня подтверждается моделью «профессия + -джи» (ср. бакладжи, кебабджи).

Фамилия Хараджиди — типичный пример так называемых «понтийских» фамилий. Греки Понта (северо-восток Турции) и греки-каппадокийцы массово носили фамилии на -иди (или -иду в женском роде). После греко-турецкого обмена населением 1923 года носители этой фамилии оказались в Греции, а часть эмигрировала в Российскую империю и СССР. В русском языке фамилия закрепилась без изменений, так как суффикс -иди для славянского уха звучит как окончание, а не как суффикс, поэтому его не русифицировали (не добавляли -ов). Встречаются варианты написания: Хараджидис (с добавлением греческого окончания мужского рода -с) и Хараджиди (без него).

Таким образом, предки современного носителя фамилии Хараджиди — скорее всего, греки из Малой Азии, возможно, понтийские греки, которые занимались сбором податей или были обязаны их платить. Фамилия не имеет отношения к дворянству или казачеству — это чисто греческая, профессионально-податная фамилия, занесённая в Россию вместе с волнами переселенцев в конце XIX — начале XX века.