Фамилия Харагоргиев — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а греческое личное имя Георгий, осложнённое восточным компонентом. Если разобрать её по составу, сразу бросается в глаза нехарактерный для русских фамилий начальный слог «Хара-». Это указывает на сложение двух основ: первая часть восходит к тюркскому или арабскому слову «кара» (чёрный, тёмный, а в переносном смысле — могучий, великий), а вторая — к греческому имени Георгий (земледелец). В тюркских языках звук «к» перед гласной часто переходит в «х», поэтому «Кара-Георгий» превратилось в «Хара-Георгий».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяли к основам на мягкий согласный или йот. В данном случае исходной формой было прозвище Харагоргий (или Харагеоргий) — так в смешанной среде (например, у греков, живших в Крыму или на Кавказе, или у тюркоязычных народов, принявших христианство) могли называть человека, носившего имя Георгий и имевшего тёмные волосы или смуглую кожу. Прозвище «Чёрный Георгий» — прямое указание на внешность, а не на характер.

С точки зрения географии, фамилия Харагоргиев с большой вероятностью связана с регионами, где исторически пересекались греческая и тюркская культуры: Причерноморье, Крым, Северный Кавказ (особенно Ставрополье и Кубань), а также Закавказье. В Российской империи такие фамилии встречались у греков-понтийцев, армян, ассирийцев и представителей малочисленных христианских общин, перешедших на русскую фамильную модель в XIX веке.

В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, здесь нет патронимического суффикса в чистом виде: окончание -ев показывает принадлежность, но основа уже составная. Это делает фамилию уникальным гибридом — греческое имя обрамлено тюркским определением и русским грамматическим оформлением. Носители Харагоргиевых — потомки людей, живших на стыке цивилизаций, где язык и этничность переплетались быстрее, чем в центральной России.