Фамилия Харчернко — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходную основу. С первого взгляда она похожа на украинскую фамилию с типичным суффиксом -енко, который означает «сын» или «потомок» (как Шевченко, Тимошенко). Но корень «Харчер» не встречается ни в украинских, ни в русских именах или прозвищах. Скорее всего, перед нами не украинская, а искусственная или искажённая фамилия, возникшая в результате ошибки переписчика или сознательной адаптации иноязычной фамилии.

Самая вероятная версия: Харчернко — это русифицированная или украинизированная форма английской или немецкой фамилии. Например, английская фамилия Hatcher (Хатчер) означает «тот, кто делает ворота» или «изготовитель задвижек» (от hatch — люк, ворота). Немецкая фамилия Harcher или Härcher могла произойти от слова, связанного с обработкой твёрдых материалов. Когда носитель такой фамилии оказывался в среде, где говорили по-украински или по-русски, его фамилию могли переделать на местный лад, добавив суффикс -енко (как знак принадлежности к роду). Получилось Харчеренко, а потом, при записи, буква «е» выпала или слилась — и вышло Харчернко.

Другое объяснение — это сложная фамилия-гибрид. В украинской ономастике есть единичные случаи, когда к заимствованной основе приставляют суффикс -енко, но основа не переводится. Например, фамилия Шарпенко (от французского charpentier — плотник) или Лакернко. Харчернко могла возникнуть по той же модели: иностранец с фамилией Харчер (или Харч) обосновался в украинских землях, и его дети стали Харчернками. Суффикс -енко в таком контексте не обязательно указывает на украинское происхождение предка — он показывает, что семья долго жила на территории современной Украины и адаптировала фамилию к местной традиции.

Третья, менее вероятная версия — от прозвища «Харч» (пища, еда в украинском языке) с суффиксом -ер. Тогда Харчер — это «тот, кто связан с едой» (кормилец, повар или, наоборот, обжора). Но суффикс -ер нехарактерен для украинских прозвищ, и фамилия Харчернко не фиксируется в старых реестрах казаков или мещан, где такие прозвища встречаются.

По географии фамилия встречается единично — в основном в России и на востоке Украины, что подтверждает версию о позднем появлении и возможной миграции носителя. Сословной привязки нет: Харчернко могли быть и крестьянами, и мещанами. Из-за редкости фамилия не попала в академические словари (Унбегаун, Никонов), но её разбор показывает, как язык «переваривает» чужие имена, превращая их в узнаваемые местные формы.