Фамилия Хархалуп — редкая, и её происхождение почти наверняка связано с прозвищем, а не с крестильным именем. Основа «хархал» или «хархалуп» звучит нехарактерно для русской лексики, но имеет прямые параллели в тюркских и, возможно, в балканских языках.

Самая правдоподобная версия отсылает к тюркскому корню «хар» (чёрный, тёмный, грязный) и «хал» (положение, состояние, сила). В тюркских говорах «хархалуп» могло означать «чернорабочий», «мужик, работающий в грязи» или просто «неряха», «замарашка». Суффикс «-уп» в русских фамилиях почти не встречается, что указывает на заимствование прозвища целиком, а не на образование от русского глагола или существительного. Если бы фамилия была чисто русской, мы бы ожидали окончание на «-ов» или «-ев» от более привычной основы.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с украинским или южнорусским диалектным глаголом «хархати» (кашлять, хрипеть, откашливаться). В таком случае «хархалуп» — человек с хриплым голосом, кашлюн. Но суффикс «-уп» и здесь аномален: для украинских фамилий на «-а» типичны окончания «-енко» или «-ук», а не «-уп». Поэтому тюркская версия надёжнее.

Географически фамилия Хархалуп тяготеет к югу России и Украине, особенно к территориям бывшего запорожского казачества и Крыма, где тюркское влияние на прозвища было сильным. Носители фамилии могли быть потомками казаков, имевших дело с татарами, или выходцами из смешанных русско-тюркских семей.

Словообразовательная модель проста: прозвище Хархалуп (без суффикса) перешло в фамилию без изменений. Это так называемая «неоформленная» фамилия, характерная для украинской и южнорусской традиции, где фамилии часто заканчивались на согласный. Никакого суффикса принадлежности здесь нет — фамилия прямо указывает на прозвище предка.