Фамилия Хармакшанов — редкая, и в её основе лежит не очевидный с первого взгляда корень. Скорее всего, она образована от прозвища или имени Хармакшан, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому слову «хармак» (или «кармак») — «крючок», «удочка». В тюркских языках суффикс «-шан/-чан» часто придаёт значение «мастер, делающий что-то» или «человек, связанный с предметом». Таким образом, Хармакшан — это «рыболов на удочку» или «изготовитель крючков». Фамильный суффикс «-ов» — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Хармакшана».

Версия с тюркским происхождением — самая правдоподобная, учитывая, что фамилия распространена среди народов Северного Кавказа (особенно в Дагестане, Чечне, Ингушетии) и у астраханских ногайцев. Там рыболовство и кузнечное дело (изготовление крючков) были традиционными промыслами. Менее вероятно, но не исключено, что основа могла быть переосмыслена из арабского имени «Хармак» (с неясной этимологией) с добавлением персидского суффикса «-шан», означающего «подобный» — то есть «похожий на Хармака». Однако эта гипотеза слабее: арабских имён с таким корнем в ономастике почти нет.

Интересная деталь: написание фамилии с буквой «к» перед «ш» (Хармакшанов, а не Хармашанов) выдаёт её живую, неогрублённую морфологию. В русском языке при стечении «кш» часто происходит упрощение (сравните «пекший» и «пёкший»), но здесь тюркский корень сохранил свою целостность. Это говорит о том, что фамилия вошла в русский документооборот относительно поздно, уже в XIX–XX веках, когда носители сами записывали её по произношению.

Социально предки Хармакшановых, вероятно, были свободными общинниками, а не крепостными — на Кавказе и в степи крепостного права в классическом виде не существовало. Ремесло рыбака или кузнеца давало человеку независимый статус. Географически фамилия привязана к южным регионам России, и если встретить её за пределами Кавказа, это почти наверняка след миграции XX века.