Фамилия Хармушко звучит на украинский или белорусский лад. Её выдает суффикс -ко, который в этих землях был одним из самых распространенных способов образовать фамилию от личного имени или прозвища. В польской традиции, которая также повлияла на западные регионы, -ко могло заменять суффикс -ук или -чук, но суть оставалась той же: указание на родство, происхождение или характерную черту предка.

Корень хармуш-, скорее всего, восходит к украинскому или польскому слову «хармуш» или «harmusz». В польском языке harmusz — это устаревшее обозначение смутьяна, буяна или драчуна. Есть и другая версия: в украинских говорах «хармуш» могло быть искажением слова «гармиш» или «гурмиш» — то есть шум, гам, суета. Если так, то прозвище Хармуш дали человеку беспокойному, неугомонному или любителю поскандалить. Третья, менее вероятная гипотеза, связывает основу с тюркским «хармыш» (смешанный, перемешанный), но для украинско-белорусского ареала это нетипично.

Модель образования фамилии проста: к прозвищу Хармуш прибавили уменьшительно-родственный суффикс -ко. Так в XVI–XVII веках на Правобережной Украине и в Гродненской или Волынской губерниях называли сына или младшего родственника Хармуша. Фамилия осталась в крестьянской и казачьей среде, не поднявшись в дворянские гербовники. Встречается она и сегодня преимущественно в западных областях Украины (Ровенская, Хмельницкая) и на юго-востоке Беларуси, что подтверждает её региональное происхождение.

От однокоренных фамилий вроде Хармус или Хармушак она отличается именно суффиксом -ко, который в XIX веке при переписях часто фиксировал не столько отчество, сколько фамильную форму. Писарь мог записать сына Хармуша как Хармушко, и это закреплялось в документах. Так что предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком с неспокойным нравом или получил прозвище за шумное поведение — и это слово осталось в роду на века.