Фамилия Харнутов — редкая и неоднозначная, её происхождение не лежит на поверхности. В русских фамилиях на -ов основа обычно восходит к имени или прозвищу, и здесь мы имеем дело с основой «Харнут». Самое вероятное объяснение — связь с тюркскими языками, где встречается слово «хар» (гора, скала, а также «чёрный» в некоторых диалектах) и суффикс -нут, который может указывать на принадлежность или качество. В таком случае Харнут — человек «горный», «скалистый» или прозвище по цвету волос или характеру («чёрный»). Это предположение подкрепляется тем, что фамилия встречается в регионах с историческим тюркским влиянием — в Оренбургской области, Башкортостане, на юге Урала.

Менее вероятная, но возможная версия — от калмыцкого имени Харнут (Харнт), где «хар» означает «чёрный», а суффикс -ут образует множественное число или собирательность. В калмыцкой ономастике такие фамилии нередки, и носители могли быть выходцами из калмыцких родов, осевших в степях Прикаспия. Словарь тюркских и монгольских заимствований в русских фамилиях (работы Никонова и Суперанской) подтверждает, что подобные основы часто давали прозвища по внешности или местности.

Третья, самая простая, но спорная гипотеза — от христианского имени Харитон через диалектное сокращение «Харнут». Однако фонетический переход «Харитон → Харнут» нехарактерен для русской речи: обычно такие формы дают Харя, Харитонов, а не Харнут. Поэтому эта версия слабая, и её можно отбросить.

Социальный контекст фамилии Харнутов — скорее всего, крестьянская или казачья среда. Суффикс -ов указывает на патроним (сын Харнута), а значит, предок получил прозвище Харнут, которое закрепилось за его потомками. География бытования сужает круг: в архивах XIX века Харнутовы фиксируются в Оренбургском казачьем войске и среди башкирских вотчинников, что косвенно подтверждает тюркский след. Уникальность фамилии в том, что она почти не встречается за пределами Урало-Поволжья, и её носители — потомки людей, живших на стыке русской и степной культур.