Фамилия Харсченко — редкий случай, где написание расходится с произношением и, вероятно, с первоначальным замыслом. Скорее всего, перед нами южнорусская или украинская фамилия, образованная по продуктивной модели с суффиксом -енко, который в этих землях означал «сын» или «потомок» (как Иващенко — сын Ивана, Грищенко — сын Григория). Основа здесь — Харс-, и именно она вызывает вопросы.

Самое правдоподобное объяснение — это фонетический вариант от Харько, Харченко. Имя Харько — народная форма от Харитон (греч. «благодатный», «щедрый»). В украинском говоре звук [к] перед суффиксом мог перейти в [с] под влиянием мягкого произношения: Харько → Харсько → Харсченко. То есть первоначально фамилия звучала как Харьсченко или Харсьченко, а на письме закрепилась без мягкого знака. Если это так, то предок носителя был Харитоном, а сама фамилия — обычной патронимической, каких тысячи на юге Российской империи.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с редким прозвищем Харс. В говорах «харс» могло означать нечто шершавое, грубое (ср. диалектное «харсеть» — становиться жёстким) или быть искажением слова «хрящ». Такое прозвище мог получить человек с грубой кожей, хриплым голосом или, как часто бывало, просто скупой и прижимистый. Однако эта версия слабее: суффикс -енко редко крепился к прозвищам, не являющимся личными именами.

Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине и югу России (Харьковщина, Полтавщина, Курская область). Это зона активного бытования фамилий на -енко. Встречается она редко, что говорит о позднем закреплении написания или о локальном происхождении. В дореволюционных метриках можно найти варианты Харьсченко и Харсченко — разнобой в букве «ь» типичен для документов XIX века, где писарь записывал на слух.

Таким образом, с большой долей уверенности можно сказать: Харсченко — это «сын Харитона», записанный в форме, которая отражает живую речь, а не книжную норму. Фамилия недворянская, крестьянская или казацкая, без претензий на древность, но с чёткой и понятной этимологией, если не цепляться за букву «с» как за ошибку, а видеть в ней след мягкого произношения.