Фамилия Харуджа — редкий случай, когда географический корень, скорее всего, перевешивает прозвищный. Скорее всего, она образована от названия реки Харуджа в Абхазии, правого притока Кодора. В таком случае фамилия указывает на место жительства предка: «человек с Харуджи» или «живущий на Харудже». Подобная модель, когда фамилия повторяет гидроним без добавочного суффикса, встречается в западно-кавказском регионе, но для русской фамильной системы нетипична — это довод в пользу того, что корни фамилии не великорусские, а местные, абхазские или смешанные.

Если же отталкиваться от славянской почвы, основа «харудж» могла быть искажением или диалектным вариантом слова «харч» (еда, припасы) или «харужник» (вор, грабитель) из южнорусских говоров. Но эта версия слабее: фамилия с таким окончанием на «-а» в русском языке почти всегда женская или украинская по форме (типа Палий, Шуляк), а Харуджа — мужская, что редкость. Скорее всего, перед нами застывшая форма родительного падежа или адаптированное иноязычное имя.

Суффиксальный анализ не даёт однозначного ответа. Окончание «-а» в русском контексте могло бы указывать на украинское или белорусское происхождение (аналог фамилий на «-енко» без суффикса), но тогда ожидалось бы ударение на последний слог — Харуджа́. В реальности фамилия звучит с ударением на второй слог, что ближе к абхазской просодии.

Социальный статус носителей в прошлом, скорее всего, был невысок: гидронимические фамилии часто получали крестьяне или казаки, переселившиеся к новой реке, либо выходцы из местных народов, чьё имя записывали на русский лад. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.

В итоге: Харуджа — это, вероятнее всего, топонимическая фамилия, связанная с рекой в Абхазии. Её носители — потомки людей, живших в долине Харуджи, возможно, имеющих абхазские или причерноморские корни, чью фамилию русифицировали при записи.