Фамилия Харюнина — женская форма, а её мужской вариант, Харюнин, образован по самой частотной модели русского языка: от основы прозвища или имени плюс суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей сын?» — Харюнин, то есть сын Харюни.

Разбираем основу. Харюня — это производная форма от канонического имени Харитон. В русской народной традиции полные имена часто сокращали, а потом добавляли ласкательные или бытовые суффиксы: Харитон → Харя → Харюня. Имя Харитон греческого происхождения, означает «щедрый», «милостивый». Таким образом, Харюнин — это потомок человека по имени Харитон, которого в быту звали Харюней.

Однако есть и вторая, менее очевидная, версия. В русских говорах слово «харя» означало не только лицо (часто с пренебрежительным оттенком), но и маску, личину. Прозвище Харя или Харюня могли дать человеку с выразительной внешностью или тому, кто любил кривляться, надевать личины на праздниках. В этом случае фамилия отталкивается не от имени, а от прозвища, и предок мог быть скоморохом или просто человеком с яркой мимикой.

С географией сложно: фамилия не массовая, встречается разрозненно, но чаще фиксируется в центральных и северных областях России, где имя Харитон было распространено. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не выделяется как редкая, но и не попадает в списки самых частых — она из категории «однозначно русских, но не повсеместных».

Социальный срез: раз фамилия на -ин, а не на -ский, предки, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям, а не к дворянству. Дворянские фамилии часто заканчивались на -ов/-ев или -ский, а -ин — типичный крестьянский и мещанский патроним.

Итог: Харюнин — это либо «внук Харитона», либо «сын того, кого прозвали Харюней за внешность или повадки». Оба варианта рабочие, но версия с именем Харитон выглядит надёжнее: такие уменьшительные формы были нормой, и фамилия просто закрепила домашнее имя предка.