Фамилия Харюнин образована от личного имени Харюня — это уменьшительная форма крестильного имени Харитон. Харитон в переводе с греческого означает «щедрый», «милостивый», а в русском быту имя давало множество производных: Харя, Харюня, Харюха. Именно от формы Харюня с помощью патронимического суффикса -ин и возникла фамилия. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: Харюнин буквально значит «сын Харюни» или «человек из семьи Харюни».

Словообразовательная модель здесь прозрачная, но стоит обратить внимание на суффикс -ин, а не более распространённый -ов. В северных и центральных губерниях России фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге, поэтому Харюнины, скорее всего, родом из Владимирской, Ярославской, Вологодской или Архангельской областей. Это подтверждается и данными современных переписей: фамилия встречается в основном в Пермском крае, Кировской и Нижегородской областях — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне с Русского Севера.

Внешняя схожесть с просторечным словом «харя» (лицо, морда) вводит в соблазн искать прозвищное происхождение, но это ложный след. Имя Харитон было общеупотребительным, а его уменьшительная форма Харюня не несла грубого оттенка. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне Харюнины в писцовых книгах, и везде основа — именно каноническое имя. Прозвище от «хари» могло бы дать фамилию Харин или Харяев, но суффикс -юн- указывает на ласкательную форму, типичную для имён.

Таким образом, Харюнин — типичная русская фамилия от крестильного имени, с чёткой региональной привязкой к северу и северо-востоку России. Предки носителя этой фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а сама фамилия сложилась не позднее XVII века, когда на Руси окончательно закрепилась модель «имя + -ин» для обозначения рода.