Фамилия Хрюнин звучит необычно и даже слегка комично, но её происхождение прозрачно и связано с крестьянским бытом. В основе фамилии лежит прозвище Хрюня. В русских говорах так могли назвать человека за внешнее сходство со свиньёй (например, за полноту, розовый цвет лица или хрюкающий голос), но чаще — за неряшливость, неопрятность или дурные манеры. Прозвища по животным были распространены на Руси и не всегда несли оскорбительный смысл: иногда они закреплялись как внутрисемейные имена, которые потом переходили в фамилии.

Модель образования типична для русского севера и центральных областей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Хрюнин, то есть сын или потомок Хрюни. Такая фамилия могла возникнуть в среде крестьян, мещан или служилых людей по прибору (стрельцов, казаков), где прозвища были основным способом различения людей до введения обязательных фамилий в XVIII–XIX веках.

Интересно, что фамилия Хрюнин не имеет отношения к литературному слову «хрюкать» в его современном звукоподражательном значении. В древнерусском языке корень «хрю-» мог означать нечто рыхлое, разбухшее или неопрятное — сродни диалектному «хрюпать» (чавкать, есть неаккуратно). Поэтому прозвище могло относиться не столько к животному, сколько к манере поведения или внешности.

Фамилия встречается в основном в Поволжье и центральных регионах России, особенно в бывших владениях Романовых (Костромская, Ярославская губернии). Встречаются и однокоренные варианты: Хрюков, Хрюшкин, Хряков — все они образованы от разных диалектных форм одного корня. В отличие от фамилии Хрюкин (от имени Хрюк — уменьшительное от Андрей, по версии Б. Унбегауна), Хрюнин происходит именно от прозвища, а не от крестильного имени.

Среди носителей фамилии были крестьяне и мещане, реже — духовенство. В дворянских родословных книгах Хрюнины не значатся: фамилия осталась в нижних сословиях, что типично для прозвищных образований с «неблагозвучной» основой.