Фамилия Хрюня — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, без стандартных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть застывшая в форме именительного падежа. Такие фамилии чаще встречаются на Украине и в южных областях России, где была сильна традиция записывать человека по прозвищу напрямую, без добавления родового окончания. В данном случае перед нами — прямое прозвище, данное человеку по какой-то внешней или поведенческой черте.

Основа фамилии — слово «хрюня». В русских говорах у него два основных значения. Первое, и самое очевидное: так называли поросёнка или свинью (от звукоподражания «хрю»). Второе, переносное и более обидное: неопрятный, неряшливый человек, который «хрюкает» или ведёт себя по-свински. Однако не стоит сразу думать, что предок был неряхой. В ономастике прозвища от названий животных часто давали не в насмешку, а по сходству с повадками: например, человек мог громко сопеть, чавкать или иметь приплюснутый нос. Иногда такие прозвища закреплялись за детьми зажиточных крестьян как обережные имена — считалось, что «свиное» имя отведёт сглаз и болезни.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: корень «хрю-» плюс экспрессивный суффикс «-ня», который в русском языке образует прозвища (сравните «копуша», «замараха», «рохля»). Этот суффикс придаёт слову оттенок бытовой, сниженной оценки. Фамилии на -ня без дополнительных суффиксов встречаются нечасто, и Хрюня — одна из них. В документах XVIII–XIX веков так могли записать крестьянина или мещанина, у которого не было официальной фамилии, а только уличное прозвище.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям. Встречается она крайне редко, что делает её ярким маркером локальной традиции именования. Если ваш предок носил фамилию Хрюня, скорее всего, он жил в среде, где прозвища передавались как фамилии без изменений, а сам он или его отец получил это имя не столько из-за грубости, сколько из-за бытовой наблюдательности окружающих.