Фамилия Хрюни — редкая и необычная для русского уха, но её происхождение не связано со звукоподражанием или обидными прозвищами. В основе лежит, скорее всего, украинское или южнорусское прозвище Хрунь (с «р»), которое со временем утратило букву «р» в разговорной речи или при записи. Слово «хрунь» в украинских говорах означало «хитрец», «плут» или «человек, который говорит с хитрецой, с прищуром». Встречается оно и в значении «скупой, прижимистый». Таким образом, первый носитель фамилии мог получить её за свой характер — не за глупость, а за изворотливость или расчётливость.

Модель образования проста: суффикс -и указывает на множественное число в родительном падеже (отвечает на вопрос «чьи?»). Такая форма типична для украинских и белорусских фамилий, которые закрепились в виде «Хрюни» — то есть «из рода Хруней». В русской традиции похожая модель дала бы фамилию Хрюнин, но в украинском языке окончание -и стало показателем фамилии без дополнительного суффикса. Это сразу указывает на регион происхождения: вероятнее всего, Полтавщина, Черниговщина или Слобожанщина.

Есть и альтернативная версия — от имени Хрон (каноническое Хроний, редкое греческое имя). Но эта гипотеза слабая: имя Хрон (Хроний) практически не встречалось в святцах и в народной среде, а фамилия Хрюни слишком вязкая для книжного происхождения. Правдоподобнее считать, что перед нами прозвищная фамилия, которая обросла бытовыми коннотациями: в XIX веке слово «хрюн» в некоторых говорах могли применять к ворчливому или недовольному человеку, но это уже вторичное переосмысление.

Географически фамилия Хрюни встречается в основном в Украине и в приграничных областях России (Белгородская, Воронежская). В дореволюционных переписях она почти не фиксировалась, что говорит о её локальном бытовании и, возможно, о недавнем оформлении — в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или казаками, а не дворянами: фамилии на -и без патронимического суффикса редко встречаются в высших слоях.

Сравните с однокоренными Хрунь, Хрунёв, Хрунов — все они восходят к тому же корню. Фамилия Хрюни стоит особняком: потеря буквы «р» могла произойти из-за акающего произношения (хрунь → хрун’и → хрюни) или из-за ошибки писаря, который записал фамилию на слух. Сегодняшние носители могут носить её с чувством иронии, но исторически за ней стоит хитрый или расчётливый предок, а не свинья.